120100管理科学与工程
我院管理科学与工程专业为国家一级重点（培育）学科，学院拥有一支包括教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者和中国科学院“百人计划”特聘教授在内的高水平的师资队伍，以及一个国家自然科学基金委创新研究群体和一个国家级教学团队。学院每年承担国家自然科学基金委基础理论研究课题和国民经济、国防领域的应用研究课题数十项；每年在国际学术期刊上发表学术论文五十多篇，位居全国高校管理学院前列，所取得的科研成果在国内外具有一定的影响力。
本学科培养具有现代科技背景、有较强适应能力，在管理科学与工程领域具有坚实的理论基础和应用技能的高层次人才。学位获得者应了解本学科发展前沿和动态，具有独立开展本学科科学研究工作的能力，满足管理科学研究、政府经济管理、大中型企业管理等方面的人才需求。
 
120200工商管理
本学科培养通晓国内外企业经营管理理论与实务，能够为中国企业提高竞争力服务的、德才兼备的、高素质、高层次的管理研究人才和职业经理人。本学科强调理论与实践的紧密结合，在重视企业管理基础理论与方法的同时，要求研究生掌握与企业经营管理相关的经济、法律、金融等方面的知识。
 
120401行政管理
本学科致力于培养具有扎实的基础知识和系统的专业知识，熟悉我国和国际行政管理理论和实践的现状和发展趋势，具备一定的科学研究能力，能独立分析和解决实际问题，德智体全面发展，适应在公共部门（尤其是党政机关）和企事业单位从事实际行政管理工作的应用型人才，以及在高校、党校、行政学院和科研单位从事教学科研工作的学术型人才。
 
085239项目管理（专业学位）
本专业培养熟悉市场经济规律，精通项目管理流程与规则，能在企业管理和信息、建设、国防、农业等诸多领域中从事决策、计划以及项目咨询、项目监理、项目评价和项目全生命周期管理的应用型高级工程管理人才。
 
125100工商管理硕士（MBA）
中国科大MBA教育始于1998年，已累计招生人数3900多人，教学质量不断提高，品牌影响力不断扩大在国务院学位办组织的全国MBA教学评估中，中国科大MBA教育排在前列。
致力于培养具有战略眼光和创新意识、遵守道德和法律、掌握现代管理知识和技能、善于分析和解决问题的高层次企业管理人才。
主要专业方向：企业战略管理、市场营销管理、人力资源管理、财务与金融管理、企业信息化管理等。
 
125200公共管理硕士（MPA）
中国科大是全国首批的24所试办公共管理硕士（MPA）专业学位教育的高等院校之一。2001年开始招生，目前累计招收MPA研究生1500多人。2006年11月以“优秀”通过国务院学位办组织的“全国首批MPA培养院校MPA教学合格评估”，教育品牌步入国内一流。
致力于培养具有和谐管理理念与引领应用创新的公共事业领导者和管理者。
主要专业方向：科技政策与管理、公共安全与管理、公共事务管理、区域战略管理、廉政管理等。